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2020 年8 期 第35 卷

基础与实验研究 HTML下载 PDF下载

肺动脉高压关键基因的筛选及生物信息学分析

作者:仲红艳,唐珊,赵飞飞,王大新

单位:
江苏省扬州市,扬州大学临床医学院附属苏北人民医院 心内科(仲红艳、赵飞飞、王大新);中南大学湘雅二医院 心内科(唐珊)
关键词:
肺动脉高压;生物信息学;关键基因;微小 RNA

摘要:

目的 : 筛选肺动脉高压发生的关键基因,推断与肺动脉高压相关的一些微小 RNA(microRNA)功能,为进一步 探索肺动脉高压可能的潜在调控靶点提供理论依据。 方法:从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载 3 个人肺组织来源的基因芯片,应用 R 语言和 GEO2R 筛选肺动脉高压患者与正常人肺组织中差异表达基因和差异表达 microRNA,并通过 DAVID 6.8 数据库进行基 因功能分析和信号通路富集分析,STRING 在线数据库构建蛋白之间相互作用可视化网络图(PPI),TargetScan 数据库 预测差异 microRNA 靶基因,Cytoscape 3.6.1 软件构建 microRNA-mRNA 网络。 结果:获得 226 个差异基因,这些差异基因主要涉及细胞趋化、炎症反应等生物学过程,主要参与造血细胞系、 性别等方面的信号通路,从 PPI 中识别出 10 个关键基因 HGF、KIT 、VCAM1、CXCL12、ITGAM、FPR1、CXCL9、 CXCR1、TLR8、CXCR2;获得 29 个差异 microRNA,构建了 microRNA-mRNA 网络,并从网络中识别出 5 个关键 microRNA。 结论:本研究利用 GEO 数据库筛选出可能参与肺动脉高压发生的关键基因和关键 microRNA,为肺动脉高压的 研究和治疗提供了新视角。

参考文献:

刊名: 中国循环杂志
Chinese Circulation Journal
主办: 国家心血管病中心
周期: 月刊(自2013年9月起改为月刊)
创刊时间:1986年
出版地:北京市
语种: 中文
开本: 大16开
ISSN: 1000-3614
CN: 11-2212/R
邮发代号:82-212
单价:30元/本

该刊被以下数据库收录:
JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)(2012年计划收录)
中国科学引文数据库(CSCD—2008)
核心期刊:
中文核心期刊(2008)
中文核心期刊(2004)
中文核心期刊(2000)
中文核心期刊(1996)
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